免税業者との取引を入力した消費税、適格請求書発行事業者との取引を入力した消費税を確認できる帳票はありますか？

[消費税集計表][仕訳日記帳] で確認することができます。

[消費税関連処理]-[消費税集計表]

[仕訳日記帳] を開き F8[条件] を設定することで指定した税区分を使用した明細のみ出力することができます。
①「伝票条件」タブを開き、出力単位を「明細単位」に変更してください。
②「明細条件」タブを開き、「消費税区分」に出力したい税区分を指定してください。

(「大蔵大臣」の場合)