[伝票入力]を閉じるときに「[9997:資金諸口]に残高があります。このままでは各帳票が正しく出力されません。『元帳』等で残高を確認してください。」と表示されますがどうすればよいですか？

[元帳] で『9997:資金諸口』『9998:非資金諸口』『9999:諸口』の残高を確認してください。
『9997:資金諸口』『9998:非資金諸口』『9999:諸口』は計算書類には集計されません。
諸口科目に残高があると、 [貸借対照表] の「資産の部合計」と「負債及び純資産の部合計」に差額が生じるなど、計算書類の整合性が崩れる可能性があります。
残高の金額が0になるように、伝票の修正を行ってください。