[年次繰越]を行う前に来年度の当初予算を登録できますか？

「来年度当初予算」に登録できます。
[予算管理] - [予算登録] を開きサービス区分(事業)を選択し、 F8[来年度予算] をクリックし、「来年度当初予算」に予算額を入力してください。

「来年度当初予算」に入力した予算額は、年次繰越を行うと翌期の「当初予算」に転送されます。