決算帳票で内部取引レベルの確認を行ってください。
内部取引レベルが「指定なし」になっている場合は内部取引消去されません。
【例】 [資金収支計算書] の「帳票名」で「2:事業区分 資金収支計算書」を選択している場合
F11[パターン設定] をクリックし、「パターン2を使用する」欄の「事業区分 資金収支計算書」の内部取引レベルを確認してください。

【 F11[パターン設定] の初期値】
| パターン1を使用する | パターン2を使用する | パターン3を使用する | |
| 貸借対照表(内訳表) | 1:法人事業区分 | 2:拠点区分 | 3:拠点内事業区分 |
| 事業活動計算書(内訳表) | 1:法人事業区分 | 2:拠点区分 | 3:拠点内事業区分 |
| 資金収支計算書(内訳表) | 1:法人事業区分 | 2:拠点区分 | 3:拠点内事業区分 |
「帳票名」を「0:パターン限定なし」にしている、またはグレーアウトして選択できない場合は、 F6[形式] の「内部取引レベル」を確認してください。

〈参考〉
F6[形式] や F11[パターン設定] は1回目の [年次繰越] でのみ翌期に転送されます。
年次繰越後に、今期データで設定を変更し、翌期データでも同様に集計したい場合は翌期データで設定を変更してください。
上記の設定で内部取引消去されない場合は、伝票の内部取引レベルの確認、内部取引消去科目の確認を行ってください。